电影讲述了一个类似卡夫卡《变形记》的科幻故事。28年前，当外星人首次来到地球时引起了人类的恐慌，人们不知该怎么办，也不敢信任这群外星来客，于是就专门在南非建立了这样一个贫民窟用来隔离外星人，并起名“第九区”。影片的主人公是一个名叫Wikus的政府特工，在一次事故中，他被外星生物武器所伤，从此身体开始发生了变化——他变得越来越像一只外星大甲虫！此时Wikus才真正体会到了外星移民在地球上受到的不公待遇，他决定做些什么改变局面……　　1981年一次看似是普通意外的事故，却为整个地球和人类的命运改变埋下了伏笔。随后，奇形怪状的外星人来到了地球，正式宣告了地球人一直以宇宙唯一生命的身份自居的日子彻底结束。人类并不清楚外星人是抱着什么样的心思来到地球，对于大多数地球人而言，外星人的到来并不是什么高兴的事，而却让他们深深恐惧。于是各国政府经过商议，决定在南非的贫民窟来安置这些外星人，这就是日后被称为“第九区”的外星人居住区。　　28年过去了，时不时的有外星人光临地球，而他们都被送往了第九区。威库斯（沙尔托·科普雷饰）是一个第九区的行政管理人员，他是MNU（Multi－National United）的一份子，每天的工作就是和不同的外星人打交道，他深信自己的责任感重大，确保外星人能够安全且一直都在第九区里就是他最大的使命。只是一次抓捕外星人关押到第九区的任务里，威库斯被外星人所感染，在外星病毒的感染下，威库斯的身体发生了意想不到的变化，他渐渐的变成了一只巨大的甲虫化生物，而在其他地球人眼里，他也已经不再是人类，同样面临着被关进第九区的命运。这时候威库斯才发现，自己一直兢兢业业所干的事情并不是那么的正大光明，而他不但要自救，而且还决定要拯救第九区里其他千千万万的外星人……　　20多年以前，停在约翰内斯堡半空的外星飞船里跑出了数以百万“营养不良”的外星人，这着实令人类感到恐慌。虽然有着奇特的武器，但是人们发现，他们没有打算向人类进行恶意攻击，也没有要渗透外星高科技术的意图，他们只是一大批外星流亡者。人类无法满足这些奇怪生物的异常需求，也没法像合法公民那样管理他们，于是人们专门在南非建立一个名为“第九区”的贫民窟用来隔离外星人。名为MNU（Multi－National United）的多联社表面上指派专员在第九区与外星人交涉，签署驱逐协议，实际上却是把目光聚焦在破解可怕外星武器上，这与第九区黑帮首领的阴谋如出一辙。多联社是世界上第二大武器制造商，他们的秘密研究发现，外星武器的启动需要外星人的DNA。　　年轻朴实的专员怀可原以为能以“探险”的功劳再次升职加薪，却没想到自己正在进行的是一项复杂而危险的行动。在一次意外事故中，怀可被外星武器弄伤，由此体内发生了巨大的变异。DNA的变种使他变得越来越像一只外星大甲虫！一时之间怀可成了地球上最有价值的商品，他是第一个成功吸收了外星人基因而存活的人类，而这也使他成为了多联社开发外星武器实验中最重要的一环遭到追捕，而亲朋好友则对他产生了恐惧，众判亲离的他只能逃进第九区躲藏。一面，怀可忍受着身体畸形变异的痛苦，一面又要摆脱成为“医学实验品”的追捕，就连黑帮首领也贪图怀可身上“未知病毒”的杀伤力。为了摆脱自己的命运，也为了停止人类与外星生物的残杀，怀可与藏身在第九区的外星人克里斯托弗协力冒险，只要取回“黑液”能源就能让外星生物飞回自己的星球，百般阻挠之下一场化解人类危机的恶战一触即发……        差不多在30年前，外星生物终于与地球有了第一次亲密接触，当人类战战兢兢地等待着对方可能会施予的来势凶猛的侵略与袭击、或者是科技方面飞跃性的进步时，却始终没能达成所愿……原来这些外星生物因为自己所在的星球遭受了战火的摧残，已然成为最后一批幸存者，他们来到地球并不是为了侵略和联姻，而是要寻求庇护。在全世界的重要国家首脑经过了会晤之后，他们一致决定在南非的第九区为这些外星生物建立一个勉强凑合出来的临时避难所，集中管理这些人类眼中的“异类”。　　然而，随着时间的推移，这些在地球落脚的外星生物的忍耐力也在慢慢被磨光，过于艰苦的生存环境，让他们越来越难以抑制住愤怒的情绪。控制和管理外星人的任务，已经被政府承包给了一家被称为“跨国联合组织”(MNU)的私人公司，不过他们显然对外星人的福利和待遇并不感兴趣，如果他们能够掌握随着外星人一起抵达地球的武器工程，就能收获想象不到的巨大利润……不过到目前为止，MNU的每一次尝试都以失败告终，因为如果想要激活武器网，就必须提取外星人的DNA。　　MNU的行为致使外星人与人类之间的关系越来越紧张，已经处在了一触即发的边缘地带，尤其是当MNU的场地管理员威库斯·范·德·马维(沙尔托·科普雷饰)感染了一种神秘的病毒之后，他的身体也随着DNA的重组发生了惊人的变化，使得威库斯很快就成了全世界追捕的对象，因为他同时也象征着MNU的武器实验中最有价值的关键所在--显而易见的是，威库斯无疑已经成了解开外星人武器技术的那把秘密的钥匙。　　受到了同类无尽的排斥和不友好的对待，对于威库斯来说，这个世界上似乎只有一个地方能够为他提供一处安身之地了，那就是--第九区。